Instytucja inkwizycji przez kilkaset lat wywoływała ogromne kontrowersje, i nic nie wskazuje, aby w najbliższym czasie ów stan rzeczy miał ulec zmianie. Dostrzega się w niej zarówno dowód na łamanie przez Kościół zasad ujętych w Piśmie Świętym, jak i konieczność obrony przed zalewem herezji. Często widzi się w inkwizytorach duchownych, stojących na straży władzy i wpływów kościelnych hierarchów. Jednak równie często panuje przekonanie o ich uświęconej roli w utrzymaniu względnego ładu społecznego i religijnego w okresie średniowiecza.